细菌性痢疾的病因主要是感染志贺菌属俗称痢疾杆菌，该菌随患者或带菌者的粪便排出，通过污染的手、食物、水源或日常接触，或经苍蝇、蟑螂等媒介传播，经口进入消化道后侵入肠道黏膜引发感染，导致疾病发生。
细菌性痢疾的核心原因是感染志贺菌属痢疾杆菌，主要通过粪口途径传播，当人体摄入被该菌污染的食物、水源，或接触带菌者的排泄物后未及时清洁手部，病菌经消化道侵入人体，引发肠道黏膜炎症及溃疡，从而发病。
其核心原因可分为2条
1.志贺菌属感染占比90%以上
志贺菌属是引发细菌性痢疾的唯一致病菌，为革兰阴性杆菌，常见菌群包括痢疾志贺菌、福氏志贺菌、鲍氏志贺菌等，90%以上的细菌性痢疾病例由该类细菌感染所致，病菌侵入肠道后在黏膜上皮细胞内繁殖，释放内毒素等毒素引发炎症反应。
2.粪口途径传播占比100%
传染源为细菌性痢疾患者或带菌者，其粪便中持续或间歇排出痢疾杆菌，这些病菌可污染食物、水源、日常用品等，健康人接触被污染的物品后未彻底清洁手部，或直接食用被污染的生冷食物、饮用生水，致使病菌经口进入消化道，引发感染发病。
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