轻度鼠疫的根本病因是感染鼠疫耶尔森菌，主要通过接触染疫啮齿类动物如旱獭、黄鼠，被携带有鼠疫耶尔森菌的跳蚤叮咬，或接触染疫动物的血液、分泌物等方式感染，少数也可因吸入少量含菌气溶胶引发，病原菌侵入机体后可引发轻度局部或全身炎症反应。
其核心原因可分为3条
1.感染低毒力型鼠疫耶尔森菌占比约75%，鼠疫耶尔森菌存在不同毒力基因型，部分亚型致病性较弱，侵入人体后无法诱导强烈的全身炎症反应，仅导致局部或轻微感染，形成轻度鼠疫。
2.接触病菌载量较低的疫源媒介动物占比约60%，在鼠疫疫源地接触带菌的啮齿类动物、寄生跳蚤等时，若接触对象为病菌载量低的个体，人体摄入的病菌剂量未达到引发重症的阈值，仅发生轻症感染。
3.人体免疫功能状态良好占比约40%，免疫正常者的免疫系统可在病菌定植初期快速启动清除机制，限制病菌扩散，避免出现败血症、重症肺炎等重症表现，因此呈现轻度鼠疫的临床特征。
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