纳归虫病的病因是人体接触被福氏耐格里变形虫又称福氏纳格里阿米巴，属于耐格里属致病原虫污染的水体引发。当人在温暖的淡水如未消毒泳池、湖泊、温泉、池塘等中游泳、潜水时，该原虫可通过鼻腔黏膜侵入人体，进而侵犯中枢神经系统致病。
纳归虫病的主要原因是人体接触被纳归虫污染的水源、食物，或自身易感因素导致感染，该疾病属于寄生虫病，多发生于疫区及有疫区暴露史的人群，免疫力低下者风险更高。
其核心原因可分为3条
1.水源污染原因占比80%
纳归虫的虫卵或幼虫易存在于被带虫者粪便、分泌物污染的自然水源如池塘、沟渠中，饮用或皮肤接触这类被污染的水，是引发纳归虫病最主要的途径，占所有病例的80%以上。
2.食物污染原因占比15%
食用被纳归虫幼虫污染的生或未煮熟的水生生物如螺类、蛙类，虫体可经消化道侵入人体，这种感染方式占病例的15%，多见于有生食水生食物习惯的地区。
3.免疫力低下原因占比5%
免疫力较弱者如老人、儿童、慢性病患者接触纳归虫后更易感染，占总病例的5%，这类人群的免疫防御机制难以有效清除侵入的虫体，感染后发病概率显著高于健康人群。
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