细菌性痢疾的诊断依据主要为：存在不洁饮食、饮水史，或接触过菌痢患者、带菌者的流行病学史；急性起病，出现腹痛、腹泻、里急后重，排黏液脓血便，可伴发热的临床表现；实验室检查可见血常规白细胞及中性粒细胞升高，粪便常规有大量脓细胞、红细胞，粪便培养分离出志贺菌即可确诊。
细菌性痢疾诊断流程包括
1.流行病学与临床症状初步评估
询问患者发病前7天内有无不洁饮食史、接触细菌性痢疾患者史或不洁水源接触史；结合腹痛、黏液脓血便、里急后重、发热等典型症状，初步判定是否为疑似病例，同时排除急性胃肠炎、霍乱等相似肠道疾病。
2.粪便常规及显微镜检查
采集患者新鲜粪便标本进行镜检，观察是否存在大量脓细胞、红细胞及巨噬细胞；典型细菌性痢疾患者粪便多为黏液脓血便，镜检每高倍视野白细胞≥15个并伴红细胞，可支持疑似诊断，为后续检查提供依据。
3.粪便志贺菌培养
采集患者发病早期、未使用抗生素前的脓血便标本，进行志贺菌属的分离培养，是确诊细菌性痢疾的金标准；该检查阳性可明确病原菌，指导后续抗生素治疗方案的选择，需注意标本采集规范以提高阳性率。
4.特异性核酸检测辅助快速诊断
采用PCR等技术检测粪便标本中志贺菌属的特异性核酸片段，适用于已使用抗生素、细菌培养结果阴性的疑似患者，可快速明确诊断，但需结合临床结果排除假阳性。
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