非洲锥虫病的病因是感染特定的布氏锥虫亚种，即布氏冈比亚锥虫与布氏罗得西亚锥虫，主要通过采采蝇舌蝇叮咬传播，采采蝇叮咬带虫者人或动物后再叮咬健康人，将锥虫注入人体引发感染；少数情况下，也可经输入受污染的血液、母婴垂直传播等方式致病。
非洲锥虫病的核心病因是锥虫经媒介等途径侵入人体引发感染，绝大多数病例由携带布氏锥虫的舌蝇叮咬导致，少数情况可通过输血、母婴或实验室意外接触传播，病原体侵袭后可累及全身及中枢神经系统。
其核心原因可分为3条：
1.舌蝇采采蝇叮咬传播占比约95%：非洲撒哈拉以南热带草原地区的舌蝇是主要传播媒介，其叮咬吸血时将锥虫注入人体皮下，锥虫随后侵入血液、淋巴甚至中枢神经系统，触发感染。
2.输血传播占比约3%：输入携带锥虫的血液或血液制品，可直接导致病原体侵入血液循环引发感染，此类病例多发生于流行区的医疗场景。
3.母婴垂直传播占比约2%：感染锥虫的妊娠女性可通过胎盘将病原体传给胎儿，引发先天性非洲锥虫病，罕见情况下分娩时也可能传播。
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