钩端螺旋体病的病因是致病性钩端螺旋体侵入人体所致。主要传染源为带菌的鼠类、猪等动物，其尿液含大量钩体，可污染疫水如稻田积水、洪水、水沟水、土壤等。人体通过接触被污染的疫水、土壤，经皮肤黏膜尤其破损皮肤侵入；少数可经摄入污染的食物、水源或母婴垂直传播罕见，引发感染发病。
钩端螺旋体病的核心感染原因是人体接触携带钩端螺旋体的动物污染物，最主要感染途径是接触被病原体污染的疫水，其次为直接接触患病动物的组织、体液或排泄物，两类原因覆盖绝大多数临床病例。
其核心原因可分为2条。
1.接触被钩端螺旋体污染的疫水、土壤等环境占比约92%：钩端螺旋体在潮湿温暖的环境中可存活数天至数月，人体因涉水、稻田劳作、游泳等活动，皮肤黏膜微小破损接触污染物质后，病原体侵入体内引发感染，这是全球钩端螺旋体病最主要的传播途径。
2.直接接触患病动物的污染物占比约8%：从事畜牧养殖、屠宰、动物疫病防控等职业人群，接触感染钩端螺旋体的猪、牛、鼠等动物的分泌物、组织时，病原体可通过皮肤伤口、黏膜侵入人体致病。
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