肺球孢子菌病的病因是感染粗球孢子菌，该真菌多生存于干旱、半干旱地区的土壤中，当土壤受耕作、建筑施工、大风等扰动时，土壤中的粗球孢子菌孢子会悬浮于空气里，若人体吸入这类含孢子的空气，孢子会定植于肺部并侵袭肺组织，进而引发肺部感染，形成肺球孢子菌病。
引起肺球孢子菌病的主要原因是感染球孢子菌属真菌，该菌主要分布于美国西南部、墨西哥北部等半干旱沙漠地带的土壤中，人体多因吸入土壤扰动后飘散的真菌孢子而致病，高危人群包括流行区居民、户外工作者及旅行者。
其核心原因可分为1条
1.吸入球孢子菌属真菌孢子占比近100%
球孢子菌属的粗球孢子菌、霍普金斯球孢子菌是肺球孢子菌病的专属致病菌，当土壤受耕作、建设、沙尘暴等扰动时，真菌释放的孢子悬浮于空气中，人体经呼吸道吸入后，孢子在肺部转化为有侵袭性的酵母型，引发肺部炎症反应，导致肺球孢子菌病。多数感染者症状轻微，少数可进展为重症播散型肺球孢子菌病。
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