东方马脑炎的病因为感染东方马脑炎病毒，该病毒属披膜病毒科甲病毒属，主要在野生禽类、马等动物间通过库蚊叮咬形成自然循环，人若被携带该病毒的库蚊叮咬，会成为偶然宿主引发感染，无直接人传人传播途径。
东方马脑炎的核心致病原因是感染东方马脑炎病毒，该病毒以野生鸟类为天然储存宿主，通过伊蚊等吸血蚊虫叮咬传播给人、马等易感动物，病毒侵袭中枢神经系统是引发脑炎症状的关键环节，属于急性虫媒病毒性疾病。
其核心原因可分为2条
1.蚊虫媒介传播占比90%以上
具体解释：绝大多数病例因被携带东方马脑炎病毒的伊蚊、黑尾脉毛蚊等叮咬感染，病毒随蚊虫唾液侵入人体血液循环，完成宿主转换并引发感染。
2.病毒的神经嗜性占比约10%
具体解释：东方马脑炎病毒对中枢神经系统具有强亲和力，进入人体后可突破血脑屏障，在神经元内大量增殖并引发炎症坏死，导致脑炎发作；偶发病例可能因直接接触带毒动物的分泌物或组织感染。
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