全骨髓病的病因可分为原发性与继发性两类：原发性多与造血干细胞自身基因突变、免疫调控异常等内在因素相关；继发性常见诱因有长期接触苯、甲醛等化学毒物或电离辐射，使用氯霉素、化疗药等特定药物，以及病毒感染、自身免疫性疾病累及骨髓等，这些因素会损伤骨髓造血微环境或造血细胞，引发全骨髓病变。
全骨髓病是一组以骨髓多系造血功能衰竭为核心表现的疾病，核心致病原因包括造血干细胞损伤、骨髓微环境异常及免疫功能紊乱三类，不同原因占比存在差异，共同导致骨髓无法正常生成红细胞、白细胞、血小板等各类血细胞。
其核心原因可分为3条，1.造血干细胞损伤占比约70%：化疗药物、电离辐射、苯等化学毒物或肝炎病毒等外源因素，可直接破坏骨髓造血干细胞的DNA结构或增殖分化能力，是全骨髓病最主要的致病原因；2.造血微环境异常占比约20%：构成骨髓造血微环境的基质细胞、血管网络等遭受破坏如自身免疫攻击、长期慢性疾病影响，无法为造血细胞提供必需的生长因子与生存支持；3.免疫功能紊乱占比约10%：自身抗体或异常免疫细胞错误攻击自身造血细胞，抑制正常造血过程，常见于自身免疫介导的全血细胞减少症等类型。
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