支睾吸虫病轻度感染者多无明显自觉症状，中度感染者常出现消化不良，如腹胀、腹痛、恶心、食欲减退，伴乏力、肝区隐痛不适；重度感染可出现黄疸、肝肿大、肝硬化，部分因虫体堵塞胆管引发胆管炎，表现为发热、寒战，还可能出现胆囊炎、胆管梗阻相关症状。
支睾吸虫病常见并发症包括胆囊炎、胆管炎、胆管结石、胆道梗阻、急性胰腺炎，长期慢性感染还可能诱发胆管癌。这些并发症多因支睾吸虫寄生于肝内胆管、胆总管等胆道系统，引发胆管慢性炎症、胆汁淤积等病理改变所致。
1.胆囊炎：支睾吸虫及其代谢产物持续刺激胆管黏膜，炎症可蔓延至胆囊，导致胆囊壁增厚、纤维化，出现右上腹隐痛、恶心、食欲减退等慢性胆囊炎表现，若合并细菌感染则转为急性胆囊炎，可伴发热、右上腹剧痛、墨菲征阳性。
2.胆管炎：虫体堵塞胆管使胆汁引流受阻，易继发肠道细菌逆行感染，引发胆管黏膜充血、水肿、坏死，患者出现腹痛、寒战、高热、黄疸的典型三联征，重症梗阻可发展为化脓性胆管炎，危及生命。
3.胆管结石：长期胆管慢性炎症导致胆管上皮脱落、胆汁成分改变，加上虫体残骸作为核心，促使胆汁中胆红素、胆固醇析出沉积，形成胆管色素性结石，结石进一步加重胆管梗阻与炎症反应，形成恶性循环。
4.胆道梗阻：大量虫体聚集、虫体与结石的机械堵塞，或炎症瘢痕造成胆管狭窄，均可阻碍胆汁排泄，引发梗阻性黄疸，表现为皮肤巩膜黄染、瘙痒、尿色加深、大便呈陶土色，严重梗阻可导致胆汁淤积性肝硬化。
5.急性胰腺炎：胆管与胰管共同开口于十二指肠乳头，胆道梗阻时胆汁可反流至胰管，激活胰酶原引发胰腺自身消化，导致急性胰腺炎，出现剧烈上腹痛、恶心呕吐，疼痛可向腰背部放射。
6.胆管癌：长期慢性胆管炎症、虫体代谢产物的致癌刺激，可使胆管黏膜上皮异常增生、恶变，形成胆管癌，多见于反复重度感染的患者，预后较差。
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