支睾吸虫病的治疗以驱虫为主，首选吡喹酮，剂量为每次25mg/kg，每日3次，连服2日，治愈率高。同时辅以对症治疗，肝功能异常者可予护肝药物；合并胆囊炎、胆管梗阻等胆道并发症时，需外科干预；合并细菌感染者需合理应用抗生素。
支睾吸虫病的治疗周期是一个中期治疗周期，核心目标是彻底清除肝胆管内的支睾吸虫，控制感染，防治胆管结石、肝硬化等严重并发症，恢复受损的肝胆脏器功能。典型的治疗周期如下：1.急性期治疗：以快速驱虫、缓解急性炎症为目标，采用吡喹酮口服，总疗程2-4周，前2周为规范给药期，按体重计算剂量分3次每日服用，后1-2周为巩固调整期，根据症状改善情况微调药量；2.慢性单纯感染治疗：仅为支睾吸虫寄生未出现严重并发症时，驱虫疗程为1-2个月，常用吡喹酮或阿苯达唑，若复查虫卵未转阴，可间隔1个月重复1个疗程；3.并发症治疗：伴随胆管炎、胆囊炎等感染时，需先控制感染再行驱虫，后续需每月随访1次，总治疗周期约3-6个月。
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