马蹄形肾的诊断依据主要为影像学检查结合临床情况：腹部超声可发现双肾位置偏低，下极于脊柱前方中线处融合；腹部CT或静脉尿路造影能清晰显示两肾下极跨越主动脉、下腔静脉前方的峡部结构，伴双肾旋转不良、输尿管走行异常等特征；部分患者无症状，或因合并肾积水、结石出现腰痛、血尿，综合上述表现可明确诊断。
马蹄形肾诊断流程包括
1.临床初筛评估
通过询问患者有无反复腰痛、血尿、尿路感染、腹部包块等病史，结合腹部体格检查部分患者可于下腹部触及质较固定的肿块，初步判断是否存在肾脏发育异常的可能，锁定疑似病例。
2.超声筛查检查
作为一线筛查手段，腹部超声可清晰显示双侧肾脏下极在腹主动脉与下腔静脉前方融合，肾长轴由正常的向外向下变为垂直或斜行，特征性表现可提示马蹄形肾的疑似诊断，且无辐射、操作简便，适合常规初查。
3.确诊影像学检查
对超声可疑或需明确诊断的患者，进一步行静脉尿路造影IVU可展示融合肾的整体形态、肾盂输尿管的走行与排列；CT或MRI平扫+增强能更清晰地显示肾脏融合的具体部位、肾实质结构，以及有无合并结石、尿路梗阻等并发症，是确诊马蹄形肾的关键依据。
4.并发症相关评估
确诊后需完善肾功能检测血肌酐、尿素氮、估算肾小球滤过率等、尿常规及尿细菌培养，评估是否存在肾功能损害、隐匿性尿路感染等并发症，为后续诊疗方案的制定提供基础信息。
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