森林脑炎的病因是感染森林脑炎病毒，该病毒属黄病毒科，主要通过硬蜱叮咬侵入人体；少数情况下可因食用携带病毒的生乳制品、接触被病毒污染的实验室样本等途径致病。
森林脑炎的核心感染原因以媒介传播为主，少数为消化道接触感染。其核心原因可分为2条：1.蜱虫叮咬占比90%以上：硬蜱是森林脑炎病毒的主要传播媒介，在林区活动时被携带病毒的蜱虫叮咬后，病毒经皮肤侵入人体，随血液循环侵犯中枢神经系统，是最主要的感染途径。2.接触被病毒污染的生乳制品占比约10%：少数情况下，饮用或食用被带毒蜱虫污染的生牛奶、生羊奶等未煮熟的乳制品，病毒可通过消化道黏膜侵入人体，引发感染。
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