鱼肉中毒的病因主要有：一是鱼类自身带毒，如未妥善处理的河豚含河豚毒素，热带珊瑚礁附近的鱼类可能富集雪卡毒素；二是鱼变质不新鲜，滋生沙门氏菌、副溶血性弧菌等致病菌引发细菌性中毒；三是青皮红肉鱼如金枪鱼、鲭鱼腐败后，组氨酸分解产生大量组胺致组胺中毒；四是鱼被重金属、农药等污染物污染，摄入后引发化学性中毒。
引起鱼肉中毒的核心原因可分为3条，覆盖天然毒素、微生物污染及加工失误三类核心诱因，是日常食源性中毒的常见类型。
其核心原因可分为3条
1.鱼肉自身含有的天然生物毒素占比约55%：部分海鱼如石斑鱼、老虎斑在热带珊瑚礁海域会富集雪卡毒素，这类毒素耐热，常规烹饪无法破坏；青皮红肉鱼类如鲭鱼、鲅鱼死后若未及时冷藏，体表细菌会将体内组氨酸转化为组胺，食用后引发过敏性中毒。
2.鱼肉被有害微生物及其毒素污染占比约35%：保存不当的鱼肉易被副溶血性弧菌、沙门氏菌、肉毒杆菌等污染，微生物增殖产生的毒素如肉毒毒素或菌体侵入人体，引发急性中毒，低温下虽能抑制部分细菌，但无法杀灭耐冷的致病菌，仍存在风险。
3.加工处理不当导致毒素残留占比约10%：烹饪时未彻底煮熟鱼肉，无法破坏耐热生物毒素或杀灭致病菌；处理生鱼肉时生熟餐具未分开，导致致病菌交叉污染熟食，摄入后引发中毒反应。
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