鱼肉中毒的诊断依据主要有：一是发病前数小时内有进食变质、不新鲜的青皮红肉鱼类如鲭鱼、金枪鱼或毒素污染鱼肉的病史；二是出现典型临床表现，如恶心、呕吐、腹痛、腹泻等胃肠道症状，伴口唇、四肢麻木、头晕、心慌等神经及心血管症状；三是排除急性胃肠炎、细菌性食物中毒等相似疾病后，结合上述病史及表现可明确诊断。
鱼肉中毒诊断流程包括
1.病史采集与症状评估
详细询问患者发病前24至48小时内的饮食史，重点确认是否食用不新鲜的青皮红肉鱼类如鲭鱼、金枪鱼或深海大型鱼类，以及同食者是否出现相似症状；同时记录恶心、呕吐、腹痛、腹泻、面部潮红、头痛等典型症状的出现时间、发作程度，初步判断是否符合鱼肉中毒的发病规律，排除普通胃肠道不适。
2.体格检查与基础实验室检查
监测患者体温、血压、心率等生命体征，观察皮肤潮红、荨麻疹等过敏样表现；完善血常规、血清电解质、大便常规等基础检查，排除细菌感染性胃肠炎、脱水等并发症，为诊断提供客观依据。
3.毒素相关检测必要时
若怀疑为特殊类型鱼肉中毒如雪卡毒素、麻痹性贝毒中毒，采集患者剩余食物、呕吐物或血清样本，通过液相色谱-质谱联用法等专业技术进行毒素定性定量分析，明确毒素类型以确诊。
4.鉴别诊断排除
结合上述结果排除急性细菌性食物中毒、急性胃肠炎、农药中毒、过敏性皮炎等相似疾病，比如急性细菌性食物中毒多有白细胞显著升高及大便培养阳性，而鱼肉中毒无典型细菌学异常，以此明确诊断。
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