短肠综合征的症状源于肠吸收面积不足及消化功能紊乱，常见腹泻，多为水样便或脂肪泻，可伴腹胀、腹痛；还会出现电解质紊乱相关表现如乏力、肢体酸软、心慌，长期可致严重营养不良，出现体重显著下降、贫血、骨痛易骨折，也可能有维生素缺乏症状如皮肤干燥、易出血等。
短肠综合征的主要并发症包括蛋白质-能量营养不良、脱水与电解质紊乱、脂溶性维生素及微量元素缺乏症、胆结石、肾结石、肝功能损伤、肠衰竭相关性脓毒症等，多因肠道吸收面积大幅减少及肠道功能紊乱诱发，需临床重视。
1.蛋白质-能量营养不良：肠道吸收面积锐减导致蛋白质、碳水化合物、脂肪等核心营养物质吸收不足，长期可出现体重骤降、肌肉萎缩、免疫力低下，儿童患者会阻滞生长发育进程。
2.脱水与电解质紊乱：肠道对水、钠、钾等的吸收障碍，加上腹泻导致的体液大量丢失，易引发急性或慢性脱水，同时出现低钠、低钾、低镁等电解质紊乱，严重时可致心律失常、休克。
3.脂溶性维生素及微量元素缺乏症：脂肪吸收不良使维生素A、D、E、K无法充分吸收，引发夜盲维生素A、骨质疏松维生素D、凝血异常维生素K；还可伴随铁、锌缺乏，造成贫血、皮肤炎症等问题。
4.胆结石：肠道胆汁酸吸收减少，胆汁中胆固醇比例升高，胆汁淤积过饱和，易形成胆固醇类胆结石，是短肠综合征常见的胆道并发症。
5.肾结石：肠道丢失大量钙盐，促使肠道内草酸吸收增加，尿液中草酸与钙结合形成草酸钙结石；加上脱水致尿液浓缩，进一步提升肾结石发病风险。
6.肝功能损伤：长期营养缺乏、胆汁淤积或长期依赖肠外营养，可引发肝细胞损害，表现为转氨酶升高，严重时进展为脂肪肝、肝硬化。
7.肠衰竭相关性脓毒症：肠道屏障功能受损，肠道内细菌及毒素移位进入血液循环，引发全身性感染，是短肠综合征患者死亡的主要危险因素之一。
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