短肠综合征的具体病因包括：广泛小肠切除手术，常见于克罗恩病致病变肠管切除、肠系膜血管栓塞或血栓形成、肠扭转、腹部创伤引发小肠坏死、小肠恶性肿瘤根治性切除；先天性因素有新生儿小肠闭锁、狭窄、先天性小肠发育不良；此外，严重坏死性小肠结肠炎需手术切除病变肠管，也可引发该病。
短肠综合征是因小肠吸收面积严重不足或结构破坏引发的疾病，核心原因主要包括小肠广泛切除、小肠旁路手术、小肠黏膜广泛病变损伤等，需明确病因以指导治疗。
其核心原因可分为3条
1.小肠广泛切除约70%
这是最主要的病因，多因急性肠扭转、肠系膜血管栓塞/血栓形成导致小肠坏死，或克罗恩病、肠梗阻反复发作需行广泛小肠切除；当残留小肠长度不足正常的1/3，或保留的回肠末端、回盲部缺失时，肠道无法维持足够的营养、水分吸收功能，引发综合征。
2.小肠旁路手术约20%
为治疗肥胖、部分消化道疾病施行的小肠旁路手术，使食物绕过大部分小肠直接进入结肠，减少营养物质与小肠黏膜的接触时间，长期会造成肠道吸收功能下降，诱发短肠综合征。
3.小肠炎症或损伤性病变约10%
如放射性肠炎、重症乳糜泻、小肠缺血再灌注损伤等，导致小肠黏膜广泛破坏、绒毛萎缩，吸收面积减少且营养转运功能异常，无法满足人体对各类物质的吸收需求。
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