重叠综合征多同时或先后出现多种结缔组织病的症状，常见有皮肤方面：如硬皮病的双手、面部皮肤紧绷增厚变硬，红斑狼疮的面颊蝶形红斑；还有雷诺现象遇冷手指、脚趾先后出现苍白、青紫、潮红的三色变化；肌肉关节方面的关节疼痛、肌无力；黏膜方面的口干、眼干；也可出现脏器受累表现，如吞咽困难、胸闷、蛋白尿等。
重叠综合征常见并发症包括肺间质纤维化、肺动脉高压、继发性干燥综合征、自身免疫性肝病、血栓栓塞性疾病、慢性呼吸衰竭、心力衰竭等，多由多种自身免疫病重叠导致多器官慢性损害，严重时可危及生命。
1.肺间质纤维化：是肺部间质组织的慢性炎症及纤维化病变，因重叠综合征累及肺间质，破坏肺泡正常结构，引发进行性呼吸困难、刺激性干咳，肺功能进行性下降，晚期可进展为呼吸衰竭。
2.肺动脉高压：多因肺血管重构、肺部疾病慢性缺氧等因素诱发，表现为肺动脉压力持续升高，患者出现活动后气促、胸痛、晕厥，是重叠综合征严重的心血管并发症，可加速病情进展。
3.继发性干燥综合征：当重叠综合征累及泪腺、唾液腺等外分泌腺时，引发眼干、口干、鼻腔黏膜干燥等症状，部分患者还可出现肾小管酸中毒、关节疼痛等腺体外表现。
4.自身免疫性肝病：肝脏为常见受累器官，可出现自身免疫性肝炎、原发性胆汁性胆管炎等亚型，表现为乏力、黄疸、肝区不适，实验室检查可见肝功能指标异常。
5.血栓栓塞性疾病：自身免疫功能紊乱导致血管内皮损伤、血液高凝状态，易引发深静脉血栓、肺栓塞等，病情凶险，严重时可致猝死。
6.慢性呼吸衰竭：由肺间质纤维化、肺动脉高压等并发症进展导致，患者出现缺氧及二氧化碳潴留，需长期氧疗，晚期可诱发多器官功能障碍。
7.心力衰竭：长期肺动脉高压增加心脏负荷，叠加心肌受累引发心力衰竭，表现为呼吸困难、下肢水肿、腹胀等，是重叠综合征晚期主要死亡原因之一。
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