肺孢子虫病常引发肺孢子菌肺炎，典型症状包括早期低热、刺激性干咳、胸闷、乏力，随病情进展出现进行性呼吸困难、喘息，部分患者伴胸痛，重症者可见口唇、指甲发绀，一般无大量脓痰，活动后呼吸道症状会明显加重，多见于免疫力低下人群，症状通常更严重。
肺孢子虫病常见并发症包括呼吸衰竭、气胸、肺源性心脏病、脓胸、多器官功能障碍综合征、肺部感染迁延不愈等，这类并发症多发生于免疫功能低下人群，如HIV感染者、长期使用糖皮质激素或免疫抑制剂者，病原体侵袭肺组织后易诱发上述病变。
1.呼吸衰竭：是肺孢子虫病最常见并发症，因肺孢子虫大量增殖引发肺泡间质性炎症、间质水肿，破坏肺泡换气功能，导致机体出现低氧血症，严重时可伴二氧化碳潴留，表现为进行性呼吸困难、发绀，需氧疗或机械通气支持。
2.气胸：多因肺组织受炎症侵蚀坏死，肺泡或细支气管破裂，气体漏入胸膜腔引发，常见于重症或未及时治疗的患者，表现为突发胸痛、呼吸困难加重，严重时可致纵隔移位，危及生命。
3.肺源性心脏病：长期肺部炎症及换气功能障碍，促使肺动脉压力持续升高，加重右心负荷，日久引发右心结构改变及功能衰竭，出现下肢水肿、体循环淤血等表现。
4.脓胸：肺内感染病灶破溃累及胸膜腔，引发胸膜腔积脓，多合并其他致病菌混合感染，表现为高热、胸痛加重、胸腔积液体征，需引流及规范抗感染治疗。
5.多器官功能障碍综合征：多发生于重症患者，因严重缺氧、感染毒素入血，导致心、肾、脑等多个器官功能急性受损，病情凶险，病死率较高。
6.肺部感染迁延不愈：因患者免疫功能难以恢复，肺内孢子虫及残留炎症持续存在，引发咳嗽、咳痰、低热等症状反复，病程可延长数月甚至更久，影响生活质量。
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