日本脑炎轻症可出现发热、头痛、乏力、恶心呕吐等类似感冒的非特异性症状；随病情发展，会出现嗜睡、颈背部僵硬、惊厥、意识模糊或昏迷等神经系统症状，重症者可能发生肢体瘫痪、吞咽困难，甚至因呼吸衰竭等引发生命危险。
日本脑炎可能出现的并发症主要包括肺部感染、尿路感染、应激性溃疡、癫痫发作、中枢神经系统后遗症如认知功能减退、肢体瘫痪、呼吸衰竭等，这些并发症多因病毒侵袭神经系统、机体免疫紊乱及住院侵入性操作等引发，会显著加重病情，增加救治难度。
1.肺部感染：是日本脑炎最常见的并发症，患者因中枢神经受损导致吞咽、咳嗽反射减弱或消失，呼吸道分泌物无法及时排出，易引发细菌或真菌感染，表现为发热、咳嗽、咳痰加重，严重时可诱发呼吸衰竭。
2.尿路感染：多因患者长期卧床、留置导尿管等侵入性操作诱发，病原体侵入尿路引发炎症，出现尿频、尿急、尿痛，严重时可上行至肾脏导致肾盂肾炎。
3.应激性溃疡：日本脑炎急性期机体处于应激状态，胃肠黏膜缺血缺氧、胃酸分泌紊乱，易形成溃疡，表现为呕血、黑便，严重时可引发失血性休克。
4.癫痫发作：病毒侵袭脑实质造成神经元异常放电，引发癫痫，可表现为肢体抽搐、意识丧失，反复发作者会进一步加重脑损伤。
5.中枢神经系统后遗症：重症患者康复后可遗留认知功能减退如记忆力下降、反应迟钝、肢体瘫痪、言语障碍、共济失调等，多因脑实质不可逆损伤所致，可持续数月至数年。
6.呼吸衰竭：多因肺部感染、中枢性呼吸中枢受损等引发，表现为呼吸困难、发绀，常需机械通气辅助呼吸，是日本脑炎急性期的主要死亡原因之一。
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