伪膜性肠炎的主要病因是艰难梭菌感染，该菌多在肠道菌群失调时致病。常见诱因包括长期大量使用广谱抗生素如克林霉素、头孢类、氟喹诺酮类等，破坏肠道正常菌群平衡；其次是机体免疫力低下，如长期使用免疫抑制剂、放化疗后、老年体弱、婴幼儿、胃肠道手术或肠梗阻患者等；此外，医院内环境接触艰难梭菌孢子也是感染途径之一，医护人员手卫生不规范可能造成交叉感染。
伪膜性肠炎是结肠黏膜的急性纤维素性炎症，其核心致病因素围绕肠道微生态失衡展开，最常见诱因是抗生素滥用，此外肠道免疫功能低下、肠道黏膜屏障受损等也可引发该病。
其核心原因可分为3条
1.抗生素使用导致肠道菌群失调占比70%以上：广谱抗生素如克林霉素、头孢类等的使用会抑制或杀灭肠道内的正常有益菌群，打破肠道微生态平衡，使耐药的艰难梭菌等条件致病菌大量繁殖，释放毒素损伤肠黏膜上皮，引发伪膜性炎症。
2.肠道免疫功能低下或受损占比15%-20%：老年人、恶性肿瘤患者、长期使用免疫抑制剂或糖皮质激素者，肠道局部免疫防御能力减弱，致病菌易定植并突破黏膜屏障，增加患病概率。
3.肠道黏膜损伤或其他诱因占比10%-15%：胃肠道手术、化疗、长期鼻饲、肠梗阻等情况会直接损伤肠道黏膜屏障，降低肠道抵抗致病菌的能力，间接诱发伪膜性肠炎。
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