伪膜性肠炎的诊断依据主要包括：近期或长期使用广谱抗生素、免疫抑制剂等病史；腹泻多为水样便，严重者含黏液脓血、腹痛、发热等典型症状；大便艰难梭菌毒素A/B检测呈阳性；结肠镜或直肠镜下见结肠黏膜附着典型黄白色伪膜直径2~5mm。
伪膜性肠炎诊断流程包括
1.临床可疑与风险评估
对存在伪膜性肠炎危险因素如近期使用广谱抗生素、免疫抑制剂、住院期间、肠道手术史等的患者，当出现每日≥3次水样腹泻、腹痛、发热等症状时，需高度怀疑本病，同时排查并排除其他致腹泻疾病如急性胃肠炎、炎症性肠病。
2.实验室初筛检测
首先行粪便常规检查，可见白细胞增多、潜血阳性；随后行艰难梭菌毒素检测抗原或核酸扩增试验，为临床常用快速诊断手段；必要时完善血常规，可见白细胞计数及中性粒细胞比例升高，提示炎症反应。
3.内镜检查确诊
针对临床高度怀疑但毒素检测阴性、或病情较重如大量腹泻、毒血症者，行结肠镜或乙状结肠镜检查，典型表现为结肠黏膜散在/融合的黄白色伪膜，直径2~5mm，周围黏膜充血水肿，直接观察到伪膜可明确诊断，必要时取伪膜行病理检查辅助确认。
4.病情严重程度分层评估
确诊后评估病情：轻症仅表现为腹泻；中重症伴腹痛、发热、白细胞≥15×10^9/L、血肌酐较基础值升高1.5倍；暴发型可出现低血压、休克、中毒性巨结肠，为后续治疗方案选择提供依据。
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