躯干囊肿的病因主要分为先天性和后天性两大类：先天性因素如胚胎发育过程中上皮细胞残留异常分化，可形成表皮样囊肿、皮样囊肿等；后天性因素包括皮脂腺导管阻塞致分泌物潴留形成皮脂腺囊肿，关节或腱鞘劳损、外伤、结缔组织退变引发腱鞘囊肿，此外，炎症刺激、寄生虫感染也可能导致躯干出现不同类型的囊肿。
引起躯干囊肿的主要原因可分为三大类，多与皮肤附属器异常、发育异常及外伤植入相关，具体核心原因如下。
其核心原因可分为3条
1.毛囊/皮脂腺阻塞占比约60%，这是临床最常见原因，躯干皮肤的毛囊、皮脂腺导管被角质脱落细胞、外界污垢等堵塞，腺体分泌的皮脂、角质无法正常排出，在皮下组织积聚形成囊性结构，多数表皮样囊肿、皮脂腺囊肿均由该机制引发。
2.胚胎发育异常占比约25%，属于先天性致病因素，胚胎发育时期残留的上皮细胞未完成正常分化，持续增殖分化形成包含皮肤附属器、脂肪等组织的囊肿，常见于躯干中线部位的皮样囊肿。
3.外伤或医源性植入占比约15%，躯干皮肤受外伤时，表皮碎片被带入真皮层内；或手术、穿刺等侵入性操作导致上皮组织残留于皮下，这些异位上皮细胞会分泌角质等物质，逐渐增生形成外伤性表皮样囊肿。
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