胰性脂肪痢的病因均与胰腺外分泌功能障碍、消化酶分泌不足有关，具体包括：慢性胰腺炎的炎症损伤胰腺腺泡，胰腺切除术切除部分或全部胰腺组织，胰腺囊性纤维化的遗传性病变影响外分泌功能，胰腺癌等胰腺肿瘤破坏正常胰腺结构，以及胰腺发育不良等先天性胰腺功能异常。
胰性脂肪痢是胰腺功能异常导致脂肪消化吸收障碍引发的疾病，其核心原因可分为3条，具体如下：
1.胰腺外分泌功能减退占比约85%：胰腺腺泡细胞分泌的胰脂肪酶等消化酶不足，无法将食物中的脂肪分解为可被肠道吸收的脂肪酸、甘油等小分子，未被分解的脂肪随粪便排出形成脂肪痢，是最主要的致病因素，常见于胰腺功能轻度受损阶段。
2.胰腺实质不可逆破坏占比约10%：慢性胰腺炎反复发作致胰腺组织广泛纤维化，胰腺肿瘤术后、胰腺外伤切除部分组织等，使胰腺合成释放消化酶的结构受损，无法维持正常分泌功能，是中晚期发病的常见原因。
3.消化酶活性受抑或肠道吸收异常占比约5%：少数情况下，胆道疾病导致胆汁分泌减少，无法协助胰酶分解脂肪；或肠道黏膜病变干扰脂肪吸收，间接加重病情，占比相对较低。
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