慢性肠炎诊断依据包括：①病史：反复或持续超2个月的慢性腹泻伴黏液/脓血便、腹痛、腹胀等消化道症状，无明显全身中毒表现；②体征：腹部轻压痛多脐周或下腹部，无反跳痛及肌紧张；③辅助检查：粪便常规见白细胞/红细胞，培养无致病菌；肠镜示肠黏膜充血、水肿、糜烂，排除溃疡、息肉、肿瘤及炎症性肠病；④排除肠结核、寄生虫病等其他致慢性肠道症状的疾病。
慢性肠炎诊断流程包括
1.病史采集与体格检查
详细询问症状慢性腹泻持续≥2个月或反复发作≥3个月，伴腹痛、黏液脓血便、里急后重等、诱因饮食不当、感染史、药物使用史、既往史肠道疾病、自身免疫病、腹部手术史及家族史炎症性肠病等遗传相关病史；体格检查重点评估腹部压痛左下腹多见、肠鸣音变化，观察有无消瘦、贫血貌、肛周病变如肛瘘等体征。
2.实验室检查
①粪便检查：常规镜检看红/白细胞、脓细胞、虫卵，潜血试验判断隐性出血；粪便培养+药敏排除细菌如沙门氏菌、寄生虫如阿米巴感染；②血常规：检测贫血缺铁性常见、白细胞/中性粒细胞升高感染或炎症活动、血小板变化；③炎症指标：ESR、CRP反映炎症活动度，PCT鉴别细菌感染；④自身抗体：ANCA溃疡性结肠炎相关性、ASCA克罗恩病相关性辅助鉴别炎症性肠病；⑤电解质：评估腹泻导致的低钾、低钠等紊乱。
3.影像学检查
①CT/MRI肠道造影CTE/MRE：清晰显示肠壁增厚、溃疡、狭窄、瘘管及腹腔并发症，适合评估小肠及全肠道病变；②钡剂灌肠：传统方法显示结肠黏膜紊乱、息肉、狭窄，但对小肠病变敏感性低；③腹部超声：初步筛查肠壁增厚、腹水、腹腔淋巴结肿大。
4.内镜检查+病理活检
结肠镜含末端回肠为首选内镜，观察黏膜充血、水肿、溃疡、假息肉、狭窄等病变；在病变部位及交界区取多块活检，病理检查明确炎症类型慢性非特异性炎、隐窝脓肿、杯状细胞减少等，排除肿瘤、结核、真菌性肠炎等。
5.鉴别诊断
结合上述结果排除功能性疾病肠易激综合征、感染性肠炎慢性菌痢、炎症性肠病UC、克罗恩、肠道肿瘤结肠癌、吸收不良综合征乳糜泻、药物性肠炎NSAIDs等，明确慢性肠炎的具体病因类型。
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