晚期梅毒的诊断依据如下：患者多有明确的早期梅毒感染史且未接受规范治疗；出现晚期特征性临床表现，如结节性梅毒疹、黏膜树胶肿，或心血管、神经等系统的晚期特异性损害；实验室检查见梅毒螺旋体抗原试验如TPPA阳性，非梅毒螺旋体抗原试验如RPR滴度多较高，同时排除临床表现相似的其他疾病。
晚期梅毒诊断流程包括
1.病史与临床表现评估
需详细询问患者的不洁性接触史、既往梅毒感染及治疗史，同时全面采集临床症状：如皮肤黏膜是否出现结节性梅毒疹、树胶肿等特异性损害，有无心血管主动脉瓣关闭不全、主动脉瘤、神经脑膜炎、偏瘫、痴呆等系统受累表现，为诊断提供临床线索。
2.实验室血清学检测
分两类核心试验：一是非梅毒螺旋体抗原试验如快速血浆反应素环状卡片试验RPR、甲苯胺红不加热血清试验TRUST，晚期梅毒滴度可呈低水平或阴性；二是梅毒螺旋体抗原试验如梅毒螺旋体颗粒凝集试验TPPA、荧光螺旋体抗体吸收试验FTA-ABS，该试验特异性强，晚期梅毒多呈阳性，用于确诊梅毒感染。若怀疑神经梅毒，需加做脑脊液检查，检测脑脊液细胞数、蛋白含量及脑脊液VDRL试验。
3.组织病理检查
对皮肤黏膜等部位的可疑损害行活检，镜下观察是否存在晚期梅毒特征性病理改变如上皮样细胞肉芽肿、闭塞性小动脉内膜炎等，以此排除结核、麻风等具有类似临床表现的疾病，明确诊断。
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