毛滴虫病的诊断依据主要包括两方面：一是典型临床表现，女性可见外阴瘙痒、阴道灼痛、黄绿色泡沫状脓性分泌物，男性可出现尿道刺痒、尿痛等；二是实验室检查为核心确诊依据，取阴道后穹窿分泌物、尿道或前列腺分泌物，经生理盐水湿片镜检见到活动的梨形毛滴虫滋养体，或核酸扩增试验NAAT结果阳性，即可明确诊断。
毛滴虫病诊断流程包括
1.病史采集与症状评估
详细询问患者有无不洁性接触史、配偶滴虫感染史，女性重点关注外阴瘙痒、黄绿色泡沫状阴道分泌物、性交痛等症状，男性需留意尿道刺痒、尿频、尿道口分泌物等表现，初步锁定可疑感染人群。
2.体格检查与样本采集
女性行妇科检查，可见阴道黏膜充血、散在出血点，后穹窿蓄积黄绿色泡沫状脓性分泌物；男性取尿道外口分泌物或前列腺液样本，确保取材规范，避免尿液等污染样本。
3.病原学检测
采用生理盐水涂片镜检，镜下可见呈波状运动的梨形滴虫即可初步诊断；对镜检阴性但高度怀疑感染者，行滴虫培养法，培养阳性为确诊金标准；还可应用核酸扩增试验NAAT，灵敏度和特异性较高，适用于疑难或混合感染病例。
4.性伴同步筛查
因毛滴虫病主要经性接触传播，需同步对患者的性伴侣进行症状评估及相关检测，排查无症状带虫者，阻断交叉感染链条。
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