线粒体脑肌病无根治方法，以对症及支持治疗为主。饮食宜采用高碳水化合物、低脂肪、适量蛋白质饮食，补充辅酶Q10、泛酸、肉碱等改善能量代谢；针对癫痫发作选用抗癫痫药物控制，乳酸升高者可辅助改善循环治疗；日常需避免劳累、感染、发热等诱因，禁用影响线粒体功能的药物如某些抗结核药。
线粒体脑肌病的治疗周期是一个长期的过程，核心目标是控制症状进展、改善患者生活质量、延缓病情恶化、预防卒中样发作、心衰、肌无力危象等严重并发症。典型的治疗周期如下：1.初始强化治疗阶段：确诊后启动，一般持续1-3个月，以对症支持治疗为主，如补充线粒体营养剂辅酶Q10、艾地苯醌等、控制癫痫发作、纠正乳酸酸中毒等代谢紊乱，此阶段需每2-4周复诊，监测疗效与不良反应，调整用药方案；2.长期维持治疗阶段：需贯穿患者终身，定期每3-6个月进行神经功能评估、血生化、肌酶及头颅影像学复查，根据病情调整药物剂量及种类，同时坚持康复训练如肢体功能训练、语言训练等以维持机体功能，预防病情急性加重及远期并发症。
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