脑干梗死的治疗分急性期与恢复期：急性期严格把握时间窗，符合指征者予静脉溶栓，同时予抗血小板聚集、改善脑循环、脑保护治疗，控制血压、血糖、血脂等基础病；恢复期尽早开展肢体、语言功能康复训练，长期坚持二级预防，服用他汀类药物调脂稳定斑块，合并高同型半胱氨酸血症者补充叶酸、维生素B12，定期复查。
脑干梗死的治疗周期是一个长期的过程，核心目标是挽救濒死脑干组织、稳定生命体征、控制病情进展、预防疾病复发并最大程度恢复神经功能。典型的治疗周期如下：1.急性期治疗，为发病后2周内，需住院开展标准化治疗，主要包括静脉溶栓/血管内取栓发病时间窗内符合指征者、抗血小板聚集、改善脑循环、颅压管理等，目的是解除脑干缺血缺氧状态，稳定生命体征，降低早期死亡率；2.恢复期治疗，为发病后2周至6个月，此阶段以综合康复训练为核心，联合二级预防用药，康复内容涵盖肢体运动、吞咽功能、言语认知等多方面，同时需管控高血压、高血脂、糖尿病等基础疾病，目的是促进受损神经功能修复，减少后遗症；3.后遗症期管理，为发病6个月以后，多数患者会遗留不同程度的神经功能障碍，此阶段需长期坚持用药如抗血小板、调脂药、定期复查脑血管危险因素，同时持续进行家庭康复训练及并发症护理，需终身维持疾病管理以防止复发及功能衰退。
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