肺炎杆菌肺炎的病因主要是感染肺炎克雷伯杆菌肺炎杆菌，该菌为革兰阴性条件致病菌，常定植于人体呼吸道、肠道等部位。当机体免疫力下降或呼吸道防御屏障受损时易发病，常见诱因包括吸入带菌飞沫、误吸含菌的口咽分泌物酗酒、意识障碍、吞咽困难者易发生；医源性因素如长期使用广谱抗生素、糖皮质激素或接受气管插管等有创操作；有慢性阻塞性肺疾病、糖尿病等基础疾病者，因抵抗力降低也易诱发该病。
肺炎杆菌肺炎的核心原因是肺炎克雷伯杆菌俗称肺炎杆菌感染，多因机体防御功能下降时，口咽部定植的致病菌吸入下呼吸道引发；也可经血行播散或医院内接触带菌医疗器械侵入，老年体弱、酗酒、免疫缺陷人群为易感群体。
其核心原因可分为3条
1.口咽部定植菌吸入感染占比约60%-70%
肺炎杆菌常定植于健康人口咽部，当机体防御屏障受损如醉酒、麻醉、脑卒中致意识障碍，吞咽反射减弱，定植菌被误吸入下呼吸道，突破局部防御引发感染，是社区获得性肺炎杆菌肺炎的主要原因。
2.医院获得性接触感染占比约20%-25%
医疗机构内，患者因使用呼吸机、气管插管等侵入性操作，或接触被肺炎杆菌污染的器械、环境，致病菌直接侵入肺部，是院内肺炎杆菌肺炎的常见原因，多见于重症监护患者。
3.血行播散感染占比约5%-10%
身体其他部位存在肺炎杆菌感染病灶如皮肤脓肿、尿路感染时，致病菌经血液循环到达肺部，引发血源性肺炎，常见于免疫功能极度低下人群，感染进展相对迅速。
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