二糖酶缺乏症的病因分为原发性与继发性两类：原发性多为先天性基因缺陷，导致小肠黏膜刷状缘的乳糖酶、蔗糖酶等二糖酶先天数量不足或活性缺失，如先天性乳糖酶缺乏；继发性则由后天因素损伤小肠黏膜所致，常见病因有急慢性肠炎、乳糜泻、克罗恩病，长期腹泻、使用广谱抗生素等也会破坏黏膜，降低二糖酶活性。
二糖酶缺乏症的主要核心原因是肠道黏膜刷状缘的二糖酶合成不足或活性缺失，使摄入的二糖无法分解为可被吸收的单糖，进而引发消化道不适症状，核心原因可分为遗传因素和获得性因素两大类。
其核心原因可分为2条
1.遗传因素占比约30%
具体解释：多为先天性基因缺陷导致二糖酶合成障碍，呈常染色体隐性遗传模式，最具代表性的是先天性乳糖酶缺乏，婴幼儿时期即可发病，患者肠道无法分解乳糖，摄入乳制品后易出现严重腹泻、腹胀等症状。
2.获得性因素占比约70%
具体解释：是二糖酶缺乏症的最常见原因，多继发于肠道黏膜损伤，如轮状病毒等肠道感染、炎症性肠病、乳糜泻、肠道手术或药物如抗生素损伤等，导致肠道刷状缘的二糖酶被破坏或合成受抑，待原发疾病控制后，多数患者的酶活性可逐渐恢复。
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