病毒性食管炎的病因主要为病毒感染，常见致病病毒包括单纯疱疹病毒最常见、巨细胞病毒、水痘-带状疱疹病毒、EB病毒等。当人体免疫力低下时，这些病毒可入侵食管黏膜引发炎症，常见易感人群包括艾滋病患者、接受放化疗或器官移植后使用免疫抑制剂者、长期用糖皮质激素者、婴幼儿及老年人等，此类人群因抵抗力弱，易被病毒侵犯诱发该病。
病毒性食管炎主要由病毒侵犯食管黏膜引发炎症，易感人群多为免疫功能受损者，常见诱因包括HIV感染、器官移植术后、恶性肿瘤放化疗、长期使用免疫抑制剂等，机体抗病毒能力下降后，病毒易侵袭食管上皮导致发病。
其核心原因可分为2条：
1.单纯疱疹病毒HSV感染约占70%～80%，是病毒性食管炎最主要的致病原因。这类病毒经口腔途径侵入食管，在免疫防御减弱的情况下，于食管上皮细胞内大量复制，破坏黏膜组织结构，引发溃疡、水肿等炎症反应。
2.巨细胞病毒CMV感染约占10%～20%，多发于严重免疫缺陷人群如晚期艾滋病患者。病毒可直接侵犯食管血管内皮细胞及上皮细胞，造成局部黏膜坏死、溃疡，进而诱发炎症，部分患者可同时合并其他病原微生物感染。
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