基底动脉闭塞的常见病因包括血栓栓塞最常见为心源性栓塞，如心房颤动、心脏附壁血栓脱落；其次为颈动脉或椎动脉粥样斑块脱落所致的动脉源性栓塞、动脉粥样硬化基底动脉局部粥样斑块破裂继发血栓形成，是原位闭塞的主要原因，少见病因有颅内或椎动脉夹层、血管炎、血液高凝状态如抗磷脂综合征、真性红细胞增多症、外伤累及基底动脉等。
基底动脉闭塞的核心致病原因，以动脉粥样硬化、心源性栓塞为主，另有少见诱因如椎动脉夹层、血管炎等，其中动脉粥样硬化是最主要的致病因素。
其核心原因可分为2条。
1.动脉粥样硬化约占所有病例的70%-80%，动脉内壁沉积的脂质斑块不断进展，导致基底动脉管腔狭窄、弹性下降，当斑块破裂或继发血栓形成时，会直接造成血管完全闭塞；
2.心源性栓塞约占10%-15%，多因心房颤动、感染性心内膜炎、急性心肌梗死等心脏疾病产生的栓子脱落，随血液循环进入基底动脉，阻塞血管管腔引发闭塞。
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