呼吸性酸中毒的病因主要包括：呼吸中枢受抑制，如过量使用麻醉剂、镇静剂，或存在脑炎、脑外伤等中枢神经系统病变；呼吸动力障碍，如重症肌无力、吉兰-巴雷综合征、胸廓严重畸形；呼吸道阻塞，如喉头水肿、气道异物、慢性阻塞性肺疾病急性加重；还有肺部病变，如重症肺炎、肺不张、肺水肿、大量气胸等，这些因素导致二氧化碳排出受阻，进而引发该疾病。
呼吸性酸中毒的主要原因是各类因素导致肺泡通气不足，二氧化碳排出障碍或生成过多，引发动脉血二氧化碳分压原发性升高，核心原因可分为肺通气功能障碍、外源性二氧化碳负荷过多、内源性二氧化碳生成过多三类。
其核心原因可分为3条
1.肺通气功能障碍占比约70%：为最主要原因，涵盖呼吸中枢抑制如麻醉/镇静剂过量、颅脑损伤、呼吸肌麻痹如重症肌无力、吉兰-巴雷综合征、气道/胸廓病变如喉头水肿、气胸、胸腔积液等，使肺无法有效排出二氧化碳，导致CO₂在体内蓄积。
2.外源性二氧化碳负荷过多占比约15%：短时间内吸入或输入过量含CO₂的物质，如高压环境下CO₂吸入过多、呼吸器参数不当导致CO₂重复吸入，超出肺的排出能力，引发血中PaCO₂骤升。
3.内源性二氧化碳生成过多占比约15%：高热、甲状腺危象、严重感染、大面积创伤等使机体代谢亢进，CO₂生成显著增多，若此时肺通气未相应提升，无法匹配排出需求，就会出现CO₂潴留，诱发呼吸性酸中毒。
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