输尿管脱垂的病因包括先天性因素与后天性因素。先天性病因多为胚胎发育异常，如输尿管壁段过长、输尿管口狭窄，使输尿管末端结构薄弱易突入膀胱；后天性病因常见于长期下尿路梗阻如尿道狭窄、前列腺增生致输尿管内压力持续升高，或慢性膀胱炎症反复刺激，导致输尿管口组织松弛、脱垂。
引起输尿管脱垂的主要原因可分为先天性因素和后天性因素两大类，先天性发育异常是核心致病原因，后天因素多为继发性病变，具体核心原因可分为两条。
其核心原因可分为2条
1.先天性输尿管口发育异常占比约80%
该因素是输尿管脱垂的最主要原因，源于胚胎发育期输尿管远端的肌层、上皮及结缔组织发育障碍，导致输尿管口瓣膜结构薄弱、功能失调，输尿管末端黏膜缺乏足够支撑，易在膀胱内压力变化时向外脱垂，是婴幼儿及青少年患者发病的主导原因。
2.后天性尿路梗阻与局部慢性刺激占比约20%
后天因素多继发于膀胱或尿道的慢性病变，如尿路结石、前列腺增生、膀胱颈挛缩等，长期尿路梗阻会使膀胱内压力持续升高，反复牵拉输尿管末端组织使其逐渐松弛、脱垂；此外反复尿路感染会加重局部组织炎症损伤，降低支撑力，也可诱发脱垂，多见于成年患者。
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