尿道结石的病因，原发性极为少见，多继发于肾、膀胱结石排入尿道后滞留；继发性病因包括尿道局部病变如尿道狭窄、尿道憩室、尿道异物如残留导尿管、尿道置入异物、代谢异常如高钙尿、高尿酸尿、胱氨酸尿、尿路感染分解尿素的细菌感染改变尿液成分、长期饮水过少致尿液浓缩、长期卧床、甲状旁腺功能亢进等，这些因素促使尿液中晶体沉积形成结石。
尿道结石的核心原因主要分为三类，一是上尿路或膀胱结石脱落嵌顿至尿道，二是尿道自身解剖结构异常引发结石形成，三是代谢异常或泌尿系统感染促使尿道结石产生。
其核心原因可分为3条
1.尿路结石脱落嵌顿占比约75%-80%：临床多数尿道结石来自肾脏、输尿管或膀胱的结石，当结石体积偏大且随尿液下移至尿道时，因尿道存在生理狭窄、弯曲等结构，无法继续排出而嵌顿停留，逐渐增大形成尿道结石，是最主要的发病原因。
2.尿道解剖结构异常占比约10%-15%：先天性尿道狭窄、尿道憩室，或后天前列腺增生、尿道外伤瘢痕等导致的尿道狭窄，会造成尿液排出不畅，尿液在局部滞留浓缩，钙盐、尿酸等成石物质易沉积在局部，慢慢形成原发于尿道的结石。
3.代谢与泌尿系统感染占比约5%-10%：机体代谢异常如高钙尿症、高尿酸血症等，使尿液中成石物质浓度过高；泌尿系统感染产生的炎性细胞、坏死组织可作为结石核心，吸引成盐物质附着沉积，形成少见的原发性尿道结石。
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