硬膜外囊肿的病因分为先天性与后天性两类。先天性因素多为胚胎发育时硬膜或神经根鞘的上皮残留，残留组织增殖形成囊肿。后天性因素常见于脊柱创伤致硬膜撕裂渗漏、脊柱手术后继发硬膜外腔积液包裹，脊柱感染如结核或炎症造成硬膜薄弱引发液体潴留，少数因脊柱退行性病变、蛛网膜炎累及硬膜外腔形成囊肿。
硬膜外囊肿为椎管内硬膜外形成的囊性良性肿物，其核心原因可分为三类：先天性发育异常、后天创伤或医源性损伤、邻近组织炎症刺激，这些因素共同导致椎管内硬膜外腔异常囊状结构形成。
其核心原因可分为3条
1.先天性发育异常占比约40%：胚胎发育阶段椎管内硬膜外间叶组织分化紊乱，残留胚胎性管道或形成潜在囊腔，随生长发育局部组织液积聚逐渐形成囊肿，是硬膜外囊肿的主要成因之一。
2.后天创伤或医源性损伤占比约35%：脊柱外伤导致硬膜外间隙撕裂、血肿机化后形成囊壁；或脊柱相关操作如椎管穿刺、手术造成硬膜外损伤，局部增生形成囊壁并容纳渗出液，进而发展为囊肿。
3.邻近组织炎症刺激占比约25%：椎体、椎间盘等邻近组织的慢性炎症蔓延至硬膜外腔，持续刺激局部纤维组织形成囊壁，同时炎症渗出液积聚于囊内形成囊肿。
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