麻痹性斜视的病因主要有：神经源性因素，如颅脑外伤、脑炎、脑血管病、颅内肿瘤、糖尿病等引发的颅神经或眼肌神经损伤；肌源性因素，如重症肌无力、眼外肌营养不良；此外，眼眶外伤、先天眼外肌发育异常，或肉毒素中毒等也可导致该病。
麻痹性斜视的主要原因是支配眼球运动的神经、眼外肌或两者间的神经通路发生病变，导致眼外肌无法正常协同收缩或舒张，眼球转动失去平衡，进而引发斜视表现。
其核心原因可分为3条
1.神经源性因素约占临床病例的45%
多由颅内病变如脑血管意外、中枢神经系统炎症、肿瘤、脱髓鞘疾病或颅底病变损伤动眼、滑车、外展等支配眼球运动的颅神经，造成神经传导障碍，眼外肌失去有效神经支配而功能麻痹。
2.肌源性因素约占35%
主要涉及眼外肌本身病变，常见如重症肌无力累及眼外肌的自身免疫性疾病、眼眶炎性假瘤、眼外肌外伤或肌营养不良等，直接损伤眼外肌结构与功能，导致肌肉收缩无力引发斜视。
3.外伤性因素约占20%
因头面部或眶部外伤直接导致，如颅底骨折撕裂眼球运动神经、眶壁骨折嵌顿眼外肌，使眼外肌运动功能受限，最终引发麻痹性斜视。
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