脊髓空洞症的病因主要包括三类：一是先天性发育异常，常见如小脑扁桃体下疝畸形Chiari畸形、颅底凹陷症等颅颈交界区发育畸形；二是继发性因素，涵盖脊髓外伤、脊髓髓内肿瘤、脊髓炎症、脊髓血管畸形所致的脊髓血液循环障碍；三是少数特发性病例，病因未明。
脊髓空洞症是脊髓内形成空洞伴胶质增生的慢性进行性疾病，其主要原因分为先天性发育异常与后天获得性病变两大类，核心原因按维度可细分为三类。
其核心原因可分为3条：
1.先天性脊髓发育异常占比约45%：多因胚胎期神经管闭合缺陷，致脊髓中央管先天畸形，局部脑脊液循环通路梗阻，逐渐形成空洞，是儿童及青少年患者的首要致病因素，常见关联疾病如Chiari畸形。
2.后天继发脊髓损伤占比约35%：多继发于脊柱外伤、脊髓手术、椎管内肿瘤等，创伤或病变破坏脊髓局部结构，阻断脑脊液循环或引发脊髓营养代谢障碍，进而空洞形成，是成年患者的主要病因。
3.脊髓血液循环异常占比约15%：因脊髓局部血管畸形、血栓形成或供血不足，导致脊髓组织缺血坏死、液化，最终形成空洞，常与脊柱退行性病变压迫血管相关，老年患者中相对多见。
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