肺曲菌病的核心病因是吸入环境中存在的曲霉菌孢子，常见致病菌种为烟曲霉、黄曲霉等曲霉菌属真菌，这些孢子经呼吸道侵入肺部。健康人群吸入后多可通过自身免疫防御清除病原体，无明显病症；但免疫功能低下人群如长期用糖皮质激素/免疫抑制剂者、器官移植受者、艾滋病患者、慢性肺疾病患者等，孢子会在肺部定植繁殖，突破局部免疫防御，引发肺组织炎症、坏死等病变致病。
肺曲菌病的主要原因是人体吸入环境中的曲霉菌孢子后，在肺部定植并引发炎症反应，部分患者因自身免疫状态异常或基础疾病导致曲霉菌过度增殖致病，少数病例可经皮肤黏膜破损处感染。
其核心原因可分为2条
1.吸入环境中的曲霉菌孢子约95%的原发性肺曲菌病由吸入孢子引起
曲霉菌以烟曲霉最为常见广泛分布于土壤、发霉的谷物、腐烂植被及空气中，免疫力正常人群吸入少量孢子后可通过自身免疫清除，若孢子量大或吸入者免疫力下降，孢子会在肺内萌发、侵袭组织引发病变。
2.宿主免疫功能受损或肺部基础结构异常约80%的侵袭性及慢性肺曲菌病与该因素相关
长期使用糖皮质激素、免疫抑制剂的患者，器官移植受者，或患有糖尿病、艾滋病、慢性阻塞性肺疾病等基础疾病者，自身免疫防御能力下降；部分存在肺部空洞、支气管扩张等结构异常者，更易成为曲霉菌定植的病灶，进而诱发感染。
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