食物过敏的病因主要为：一是遗传易感性，存在食物过敏或过敏性疾病如哮喘、湿疹家族史者发病风险显著升高；二是免疫系统异常，机体误将食物中的无害蛋白质识别为“外来入侵者”，启动错误免疫应答并释放组胺等炎症介质；三是肠道屏障功能不成熟多见于婴幼儿或肠道菌群紊乱，使过敏原易侵入体内诱发反应；此外，部分食物蛋白的特殊结构也易触发过敏机制。
食物过敏是机体免疫系统对特定食物中的致敏成分产生的异常免疫反应，核心原因与免疫系统功能异常、遗传背景、食物过敏原特性等密切相关，具体核心原因如下：
其核心原因可分为3条
1.免疫系统识别错误占比约60%：健康状态下，免疫系统会区分无害物质与病原体，但过敏体质者的免疫系统误将食物中的无害蛋白质判定为有害物质，触发IgE介导的炎症反应，释放组胺等物质，引发皮肤、消化道、呼吸道等部位的过敏症状，是食物过敏发生的核心机制。
2.遗传易感性占比约30%：遗传因素在食物过敏的发生中起重要作用，若父母一方存在食物过敏病史，子女患病概率约为30%-50%；若双方均患病，子女患病概率可高达60%-80%，遗传会影响免疫系统的发育与调节，使机体对过敏原的耐受性降低。
3.食物过敏原的特性占比约10%：常见致敏食物如牛奶、花生、海鲜中的蛋白质结构稳定，不易被胃肠道消化酶分解，能完整通过肠道黏膜进入血液，激活免疫细胞产生过敏反应，是引发绝大多数食物过敏的直接诱因。
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