扁桃体炎的病因主要分为感染性与非感染性两类。感染性因素以病原微生物侵袭为主，常见细菌为溶血性链球菌、葡萄球菌、肺炎球菌等，常见病毒为鼻病毒、腺病毒、流感病毒、EB病毒等，部分可出现混合感染。非感染性因素包括邻近器官炎症如鼻炎、咽炎蔓延，长期烟酒刺激、辛辣饮食过度，机体免疫力低下等。
扁桃体炎的主要原因以病原体感染为核心，其次是机体免疫力下降及邻近组织炎症蔓延，这些因素共同作用引发扁桃体的急慢性炎症。
其核心原因可分为3条
1.病原体感染占比约70%
扁桃体炎最常见的病因，主要为细菌或病毒入侵，急性扁桃体炎多由A组β溶血性链球菌感染所致，其次是腺病毒等病毒；慢性扁桃体炎还可能合并厌氧菌感染，病原体在扁桃体隐窝繁殖，引发炎症反应。
2.免疫力下降占比约20%
当机体因过度劳累、受凉、烟酒过度、营养不良或患有自身免疫性疾病等导致免疫力降低时，原本寄居在扁桃体隐窝的条件性致病菌或外界入侵的病原体易突破黏膜屏障，引发炎症。
3.邻近器官炎症蔓延占比约10%
鼻腔、鼻窦、咽喉等邻近器官的炎症，如慢性鼻炎、鼻窦炎的脓性分泌物长期刺激扁桃体，或急性咽炎向下蔓延，累及扁桃体隐窝，进而诱发炎症。
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