卡肺囊虫肺炎现称耶氏肺孢子菌肺炎的诊断依据为：存在免疫功能低下的易感因素，如HIV感染、长期使用糖皮质激素或免疫抑制剂；临床表现为亚急性起病，干咳、进行性呼吸困难，伴低热、乏力；辅助检查可见胸部双肺弥漫性磨玻璃影，病原学检测痰、支气管肺泡灌洗液发现病原体，血清β-D-葡聚糖升高。
卡肺囊虫肺炎诊断流程包括
1.临床风险初判与症状评估
针对免疫功能低下人群如艾滋病患者、长期使用糖皮质激素/免疫抑制剂者等，结合咳嗽、发热、进行性干咳、呼吸困难等典型症状，初步锁定疑似病例，同步排查普通细菌/病毒性肺炎、心源性呼吸困难等排除性诊断。
2.影像学筛查
首选胸部高分辨率CT，典型表现为双肺弥漫性磨玻璃影、间质性炎症，部分患者可见肺气囊、局灶性实变；胸部X线片敏感性较低，可用于基层快速初筛，典型表现为双肺纹理增多伴片状阴影，需进一步CT确诊。
3.病原学确诊检测
采集诱导痰或支气管肺泡灌洗液标本，采用六胺银染色、吉姆萨染色镜检识别卡肺囊虫包囊，或通过PCR技术扩增病原体DNA，敏感性和特异性可达90%以上，为确诊核心依据；痰培养因卡肺囊虫生长条件苛刻，临床极少应用。
4.实验室辅助评估
动脉血气分析可明确低氧血症程度，重症患者多见显著低氧；乳酸脱氢酶常呈显著性升高，淋巴细胞计数多降低，用于评估病情轻重及预后。
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