百日咳脑病的治疗需保持呼吸道通畅，必要时给予吸氧；控制惊厥可选用地西泮或苯巴比妥；降低颅内压予20%甘露醇脱水；针对百日咳杆菌感染，发病4周内可予大环内酯类抗生素，如阿奇霉素、红霉素；同时维持水电解质平衡，加强护理防止窒息等并发症。
百日咳脑病的治疗周期是一个长期，核心目标是控制百日咳鲍特菌感染、缓解中枢神经系统病变症状、防治严重并发症、促进受损神经功能恢复，降低病死率和远期致残率。典型的治疗周期如下：
1.急性期治疗周期2-4周：此阶段为抢救关键期，需尽早足量应用大环内酯类抗生素如红霉素、阿奇霉素杀灭病原体，同时针对脑病症状对症处理，包括解痉止抽、降低颅内压减轻脑水肿、改善脑循环及脑代谢，病情危重者需入住重症监护病房实施生命支持治疗。
2.恢复期治疗周期数周至6个月不等：急性期后转入康复阶段，核心是促进神经功能修复，需根据神经损伤程度制定个性化方案，常用措施包括高压氧治疗、认知及运动功能训练、营养神经药物应用，期间需定期评估神经功能恢复情况，逐步调整干预方案直至功能稳定。
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