先天性双行睫的病因主要为胚胎发育异常，属眼睑组织先天分化缺陷所致：胚胎期眼睑板腺的分化出现紊乱，原本应发育为睑板腺的组织异常转化为毛囊，进而在正常睫毛后方形成另一排异常睫毛。部分病例存在遗传倾向，多为常染色体显性遗传，可由相关基因突变引发眼睑毛囊发育调控异常，最终诱发该病。
先天性双行睫属于先天性眼睑发育畸形，核心是胚胎期眼睑毛囊结构分化异常，其主要病因可分为遗传相关和胚胎发育异常两大类别。
其核心原因可分为2条：
1.遗传因素占比约40%，部分先天性双行睫为常染色体显性遗传，相关致病基因如PAX6、FOXC1等突变，会干扰眼睑毛囊的正常分化调控，导致额外副睫毛在睑板腺开口处异常生长，这类患者常伴随虹膜缺损、上睑下垂等其他眼部先天畸形。
2.胚胎期眼睑组织分化异常占比约60%，胚胎发育第5-8周时，眼睑原始上皮层分化异常，原本应分化为睑板腺的外胚层组织误分化为毛发毛囊，形成第二排靠近睑结膜面的异常睫毛，此类病例无明确家族遗传史，多为胚胎发育随机分化异常所致，不伴其他系统畸形。
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