完全性葡萄胎的病因主要为染色体异常，多为父源二倍体，因无功能性母源染色体的“空卵”受精所致，可由单个精子核内复制或两个精子同时与空卵受精形成；此外，妊娠年龄小于20岁或大于35岁、既往葡萄胎病史、饮食中缺乏叶酸与胡萝卜素、地域及种族因素等也是发病的高危因素。
完全性葡萄胎的核心原因主要与受精卵的染色体异常密切相关，属于异常受精引发的病理妊娠，无正常胎儿发育潜能，是常见的妊娠滋养细胞疾病类型。
其核心原因可分为1条。1.受精卵染色体异常占比95%以上：完全性葡萄胎多因异常受精所致，一类为单精子空卵受精，即女性卵子细胞核缺失后，与一个单倍体精子结合，精子染色体自我复制为二倍体；另一类为双精子空卵受精，即两个单倍体精子同时进入无核空卵形成二倍体受精卵。上述异常形成的受精卵仅含父源遗传物质，无母源的胎儿基因组，导致胎盘绒毛滋养细胞异常增生、间质水肿，形成大小不一的葡萄状水泡，即完全性葡萄胎。
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