韦斯特综合征的病因主要分为几类：一是遗传因素，如CDKL5、ARX等基因突变可致病；二是围产期损伤，如早产、胎儿宫内缺氧、产伤等造成脑损伤；三是中枢神经系统先天发育异常，如脑回畸形、巨脑回等结构病变；四是后天获得性因素，如脑炎、脑膜炎、脑外伤，或苯丙酮尿症、低血糖脑病等代谢性疾病，均可诱发本病。
韦斯特综合征的核心病因主要分为结构性/发育性脑异常、遗传/代谢性疾病、获得性脑损伤三大类，不同病因占比存在差异，均会损害婴儿大脑正常发育或功能，进而引发特征性痉挛发作及神经发育问题。
其核心原因可分为3条
1.结构性或发育性脑异常原因占比约35%：这类源于胎儿期脑发育的结构或形态异常，如大脑皮质发育不良、结节性硬化症、巨脑回畸形等，异常脑结构会破坏神经元网络的正常功能，诱发阵发性痉挛发作，是该综合征的常见病因。
2.遗传或代谢性疾病原因占比约30%：主要由基因突变如ARX、CDKL5等基因位点变异或先天性代谢缺陷引发，基因突变会直接干扰脑神经元发育与信号传递，代谢病如苯丙酮尿症、线粒体脑病等则会导致脑能量代谢或神经递质紊乱，最终触发婴儿痉挛。
3.获得性脑损伤原因占比约25%：多发生在围产期或婴儿早期，常见因素包括早产、新生儿缺氧缺血性脑病、颅内感染、严重高胆红素血症核黄疸等，这些损伤会破坏已发育的脑组织结构，干扰神经功能，进而引发韦斯特综合征。
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