慢性根尖周炎的病因主要包括：未经治疗的深龋、牙髓炎等牙髓疾病，细菌以厌氧菌、化脓性球菌为主通过根尖孔侵入根尖周组织引发慢性感染；根管治疗不彻底，残留病原微生物持续刺激根尖周；牙外伤、重度磨耗导致牙髓坏死，细菌定植扩散；牙周病时，牙周袋内细菌通过根尖孔、侧支根管感染根尖周组织。
引起慢性根尖周炎的主要原因包括牙髓感染未得到及时控制、根管治疗操作不当、根尖周组织长期受咬合创伤或邻近感染病灶扩散，这些因素会导致根尖周组织出现慢性炎症反应，形成根尖周肉芽肿、脓肿或囊肿等病变。
其核心原因可分为3条
1.牙髓感染占比约85%
这是最主要原因，多因龋病、重度磨耗、楔状缺损等导致牙髓暴露感染，急性牙髓炎未及时治疗，炎症向根尖周组织扩散，逐渐转为慢性炎症，破坏根尖周骨质。
2.根管治疗不彻底占比约10%
根管治疗过程中根管清理不净、充填物不密合或遗漏根管，残留的细菌及其毒素持续刺激根尖周组织，引发慢性炎症，患者多有既往根管治疗史但症状反复。
3.根尖周创伤或邻近感染占比约5%
长期的咬合创伤使根尖周组织反复受损伤；或牙周炎、颌骨骨髓炎等邻近感染病灶的病原微生物通过根尖孔扩散，引发根尖周慢性炎症反应。
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