近皮质软骨瘤的具体病因尚未完全明确，目前认为与骨膜覆盖于骨外层的结缔组织间叶细胞的异常分化有关：这些间叶细胞发生转化异常，致使邻近骨皮质区域的软骨组织过度增生，进而形成肿瘤。目前并无明确证据表明特定基因突变、外伤等外部因素是该疾病的直接诱因。
近皮质软骨瘤是起源于骨皮质旁软骨组织的良性肿瘤，其致病原因与遗传相关的细胞突变、软骨发育异常等密切相关，具体核心原因可分为2类。
其核心原因可分为“2”
1.异柠檬酸脱氢酶IDH体细胞基因突变占比约80%
这类基因突变会导致IDH酶功能异常，干扰软骨细胞的正常增殖与分化调控，促使骨皮质旁的软骨细胞发生不受控制的增生，是目前被证实的最主要致病因素，占临床发病原因的绝大多数。
2.骨骺软骨发育异位占比约15%
在个体生长发育过程中，骨骺板的部分软骨细胞发生异位迁移，未能正常参与骨组织构建，在骨皮质旁残留并异常增殖，进而形成近皮质软骨瘤，这类原因多与个体生长阶段的遗传易感性或细微骨组织损伤相关。
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