骶神经根囊肿的病因分为先天性和后天性两类。先天性病因是胚胎发育时期骶段脊膜与神经根鞘发育异常，残留的憩室组织随脑脊液压力增高逐渐扩张形成囊肿；后天性病因多为腰骶部外伤、椎管内感染或蛛网膜炎、腰椎椎管手术等，导致神经根鞘膜出现薄弱区，脑脊液搏动下疝入形成囊肿，少数可因蛛网膜局部粘连、脑脊液循环受阻积聚形成。
骶神经根囊肿的核心原因主要分为先天性发育异常和后天继发性因素两大类，具体核心原因及占比如下。
其核心原因可分为2条
1.先天性发育异常约70%
是骶神经根囊肿最主要病因，胚胎发育阶段骶神经根周围蛛网膜下腔结构发育缺陷，形成与蛛网膜下腔相通的薄弱囊壁，脑脊液持续进入囊腔积聚扩张，最终形成囊肿，多无明确后天诱因，常因影像学检查偶然发现。
2.后天继发性因素约30%
多由后天损伤或病变诱发，如腰骶部外伤导致局部蛛网膜撕裂粘连、椎管手术刺激神经根周围组织、椎管内感染或炎症引发蛛网膜粘连等，使脑脊液正常流通受阻，局部潴留形成囊肿，这类囊肿多伴随相关病史。
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